Durante la década de los 60 se desarrolló en la Universidad Autónoma de Puebla el Movimiento de Reforma Universitaria cuya intención fue la de colocar a la institución a la altura de los requerimientos del siglo XX dejando atrás los conceptos decimonónicos de la educación e implantando a la ciencia como eje rector del quehacer universitario. Esta etapa estuvo signada por la participación universitaria en diversos movimientos reivindicativos de las causas populares, lo que irritaba a los sectores más reaccionarios de la sociedad. Sin embargo, la culminación de este proceso se concretó durante la primera mitad de los 70.
El 10 de junio de 1972, en sesión del Consejo Universitario, en el punto de “Asuntos generales”, uno de los consejeros de la derecha universitaria propuso que el rector interino, Martín Carbajal, fuese designado rector definitivo para el período de 1972 a 1975. Esto provocó una enérgica reacción de los consejeros progresistas que se opusieron a dicha propuesta pues no había sido precedida de una discusión en la comunidad universitaria, además de que Carvajal era parte de una corriente progubernamental opuesta a la Reforma Universitaria.
A media discusión, un apagón originó que el Salón Barroco quedase a oscuras y se generase una situación violenta. Derrotados en su intentona, los consejeros conservadores decidieron abandonar tanto el Consejo como la Universidad. En la misma sesión del 10 de junio de 1972, el químico Sergio Flores Suárez fue designado rector interino y posteriormente el 19 de septiembre de mismo año dejó de ser transitorio, para cubrir el período de 1972 a 1975. Este nombramiento fue debido a su trayectoria universitaria, su apego a la reforma universitaria y la estimación de que gozaba en la comunidad de la Institución pues había sido un colaborador muy cercano del rector Lara y Parra y también había fungido como director de la escuela de Ciencias Químicas.
A las fuerzas reaccionarias de la entidad, que ya se encontraban muy irritadas por la actividad cultural científica y social que se generaba desde la institución, les resultó intolerable que el nuevo rector no sólo tuviese ideas progresistas, sino que, fuese miembro del Partido Comunista Mexicano. Esto rebasaba los límites de lo que podían soportar.
Durante el rectorado de Sergio Flores el proceso de reforma universitaria ganó en impulso y profundidad, la Universidad se comprometió solidariamente con las clases marginadas del Estado y se recuperó el ejercicio real de la autonomía universitaria. Su período coincidió con una etapa de efervescencia de los movimientos populares que siempre encontraron en la Universidad apoyo para sus causas. Se brindó solidaridad a los exiliados de las dictaduras sudamericanas, algunos de los cuales se integraron a la docencia y la investigación en la institución. La universidad comenzó a concretar la regionalización universitaria al crearse en Tecamachalco la Preparatoria Regional “Enrique Cabrera” y la Escuela de Medicina Veterinaria y Zootecnia. La matrícula universitaria creció exponencialmente y dio comienzo el crecimiento del sistema de preparatorias.
En 1972, los conservadores conformaron el llamado Bloque de Ciudad Universitaria, en alianza con un grupo de porros encabezados por los estudiantes de Derecho Raúl Méndez Morales, La Salerosa; y Gildardo Ramos Cortés, El Chino Pistolas. Las escuelas de Arquitectura y Administración de Empresas fueron convertidas en sus bases de acción y de ahí surgía la actividad antirreformista de toda la Universidad. El 7 de noviembre de 1972, 20 miembros del FUA, encabezados por los estudiantes de Arquitectura Luis Eduardo Paredes Moctezuma, Javier del Castillo, Jaime Aurioles Gamboa y Ángel Morales Piloni, atacaron con metralletas la preparatoria Benito Juárez. Como consecuencia, el día 9 fueron expulsados de la institución por acuerdo del Consejo Universitario. Pese a ello, los miembros del FUA, ahora con la careta de los grupos Náhuatl y Juventud Nueva, persistieron en sus actividades y el 24 de enero de 1973 fue asesinado el estudiante de Derecho Josaphat Tenorio Pacheco por un grupo de choque comandado por Paredes Moctezuma.
El gobernador del estado, Gonzalo Bautista O’Farrill, se sumó al movimiento antirreformista y encabezó a las fuerzas conservadoras del Estado en contra de la Universidad. En un mitin público, realizado en el Zócalo de la ciudad el 17 de octubre de 1972, declaró la guerra a la Universidad y ordenó al procurador que fuesen encarcelados el rector y los principales dirigentes del movimiento reformista. Durante el gobierno de Bautista O’Farrill fueron asesinados el arquitecto Joel Arriaga Navarro, el 20 de julio de 1972, y el ingeniero Enrique Cabrera Barroso, acribillado el 20 de diciembre del mismo año a las puertas de su casa. Ambos eran destacados dirigentes del movimiento de Reforma Universitaria. Ninguno de estos crímenes ha sido aclarado hasta la actualidad.
En este marco de confrontación violenta, el 1 de mayo de 1973 fue balaceado el Edificio Carolino por los cuerpos policíacos del gobierno estatal desde las torres de la Catedral y los edificios aledaños a la Universidad. El ataque armado contra el Carolino originó un movimiento popular de repudio al gobernador Gonzalo Bautista O’Farrill, que culminó con su renuncia, que fue presentada al Congreso del Estado el 8 de mayo de 1973, lo que pareció dar fin al cacicazgo avilacamachista que durante décadas se había apoderado del Estado de Puebla.
A partir de la caída del gobernador Gonzalo Bautista se generó un cambio de rumbo para el estado, que se despidió del avilacamachismo, y para la universidad, pues las organizaciones de la derecha poblana que patrocinaban al FUA, conscientes por fin de que no podrían apoderarse de la universidad por medios violentos, sacaron a sus hijos de la misma y fundaron, con apoyo gubernamental, de la iniciativa privada y del alto clero católico, la Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla (UPAEP) para realizar ahí el proyecto conservador y clerical de educación media superior y superior que no pudieron concretar en la Universidad Autónoma de Puebla.
Al término del período rectoral de Sergio Flores, en 1975 fue electo el ingeniero Luis Rivera Terrazas para sucederlo. Su campaña electoral se basó en la promoción de un programa en el que llamaba a la construcción de una universidad democrática, crítica y popular y se buscaba profundizar hasta sus últimas consecuencias el proceso de reforma universitaria. Con Rivera Terrazas, también destacado miembro del Partido Comunista Mexicano, se le dio un gran impulso al estudio de las ciencias naturales y exactas, principalmente en el terreno de la Física del Estado Sólido, base de la revolución tecnológica que sacudiría al mundo en las décadas siguientes, colocando a la UAP en posición de vanguardia entre las universidades mexicanas en este campo.
La derecha poblana y algunos sectores del gobierno no se encontraban de acuerdo con el hecho de que el rector de la Universidad fuese un “comunista confeso”, como se referían despectivamente al ingeniero. Por tal motivo, desde el gobierno federal encabezado por el presidente Luis Echeverría Álvarez fue orquestada una toma del Edificio Carolino con la intención de apoderarse de la persona del rector y “expulsar al Partido Comunista de la Universidad”. La acción fue realizada el 27 de abril de 1976 por un comando armado del denominado Frente Estudiantil Popular (FEP), brazo universitario del Partido Socialista de los Trabajadores (PST), organización creada por Echeverría para que, bajo una apariencia de izquierda, se le restase influencia al Partido Comunista en las universidades mexicanas.
Después de varios días de haber tomado el Carolino, el FEP-PST se vio precisado a retirarse bajo protección policíaca. No pudo apoderarse del rector y la movilización universitaria y popular que se generó en su contra hizo imposible la consecución de sus objetivos. Este fue el último intento violento de frenar la Reforma Universitaria y la consecuente Universidad Democrática, Crítica y Popular que, a partir de ahí, pudo desarrollarse sin mayores obstáculos y proyectar a la Universidad en un camino de desarrollo permanente de la ciencia y la cultura.
